縄文人は遅くとも６０００年前から焼畑による稲作をやっていて、３０００年前からは水田稲作をやっていたことが最近になって明らかになりました。たとえ渡来人が日本にやってきて水田稲作をやっても、縄文人たちも水田稲作をやっていたので、食糧事情も同じです。渡来人が縄文人より人口増加率が高いということは、あり得ないのです。
「ごく少数で日本にやってきた渡来人は、豊富な食料により人口増加率が高く、人口数で縄文人を追い抜いた」などという説は、成り立たなくなってきました。
従来の考古学や人類学では決定的なことが言えないのですが、遺伝子工学が発展してきて、ＤＮＡ分析によって日本人のルーツを知ることが可能になってきました。ＤＮＡの解析には、核ＤＮＡの解析とミトコンドリアＤＮＡの解析の二つの方法があります。
ミトコンドリアＤＮＡの解析は容易にできるのですが、母から娘に伝わる遺伝子情報なので、父方の先祖のことは全然わからないのです。渡来人の男だけが日本に来て縄文女性との間に子供を作っても、その事実が遺伝子情報として残らないので、正確な渡来系の比率を出すことができません。
核ＤＮＡの中にはすべての遺伝子情報が含まれていて、その中には父から息子に伝わるＹ染色体の情報も入っています。古い遺体から核ＤＮＡを採取することは難しかったのですが、技術の向上によって最近はできるようになりました。そしてＹ染色体は、Ａ～Ｒまでの１８のグループがあることが分かってきました。
注目すべきはＤグループです。
ＤグループのＹ染色体を持っている者は、チベット・アンダマン諸島（ミャンマー南方の諸島）及び日本に多く、支那や朝鮮にはいません。日本では男性の３４％がこの染色体を持っています。